Яндекс неверно рассчитал неустойку. Она рассчитывается со дня когда товар должен был быть передан(31 декабря) по день возврата 5 января. Но суд может принять решение считать сроком как 31.12-5.01, так и 1-4. Такое право у суда есть. 
Так что перспективы дела - туманны, в лучшем случае, взыскание неустойки за 31.12 и 5.01. Во взыскании неустойки за 1-4 будет отказано, по причине отсутствия права потребителя на неустойку за эти дни, по причине выплаты ее ответчиком.
По поводу штрафа, ВС указывал, что само по себе обращение в суд с иском, указывает на недобровольность решения, потому штраф с присужденной суммы подлежит взысканию, но как уже указано неустойка будет взыскана только за 31 и 5, в лучшем случае.
10к морального вреда за отказ от исполнения договора продавцом ни один суд никогда не взыщет. В лучшем случае 50-100 рублей, просто рублей, не тысяч. И то, если суд согласится со сроками неустойки,что не факт.
Будем честны, дело не вызовет сочувствия у суда, потому принимая во внимание как возврат, так и выплату неустойки, наиболее вероятно суд решит что сроки с 1 по 4 января. И откажет в удовлетворении иска. 
Что лучше сделать: отказаться от иска, с обязательным указанием что отказ совершается по причине удовлетворения ответчиком требований. Это даст шанс на взыскание судебных расходов. В случае отказа в удовлетворении иска судом, велик шанс вообще не взыскать никаких судебных расходов.