-легально вести свой бизнес ГОРАЗДО замороченнее, чем делать это в серой зоне, не соблюдая прямо ВСЕХ правил?
Пока "бизнес" мелкий можно и незаморачиваться на легализацией. Но раз дело уже пошло куда-то, то очевидно ИП. Затем ООО на УСН. Затем ООО на ОСНО. Далее, далее, далее

-ИП без сотрудников
Вообще, с точки зрения определения, ИП с сотрудниками это дурость. Индивидуальный на то и индивидуальный, что работает один. А если нанимает работников в штат, то становится организацией, по факту. Оттуда все сложности. Впрочем хз зачем 1-2 человек нанимать

-Валютные платежи.. Ну это у всех такие проблемы. Родное государство все еще считает эту деятельность каким-то шпионажем :)

-Когда ты проводишь интернет в офис как предприниматель или компания, стоимость ежемесячного пользования в 5-10 раз больше.
Разница в гарантиях. Юрлицу обещают гарантированный канал. Физику - нет.
А так, берете модем от "Й" и не паритесь. Ну или другие варианты попроще.

Что касается налоговой. Да, они не заинтересованы решать проблемы. У них другие KPI - собираемость налогов, вероятно.

- Если ты ИП, то корпорация не может с тобой работать
В смысле не может? Ну если у Вас такие клиенты, то наверно такие суммы доходов, что можно уже зарегить ООО на ОСНО и нанять буха. Тоже относится к бюджетным организациям. Если очень надо их обслужить, что ж делать.