очень спорно, на средние расстояния (300-400 км из Москвы) по времени выигрыша нет, но по комфорту и цене самолет уступает.

Зависит от ваших приоритетов и расписания поездов/самолетов. 

Я в последнее время даже на средние расстояния иногда выбираю поезд.

Поезд - в пятницу после работы сели на вокзале в центре города, ночь спокойно и в комфорте поспали, следущий день можно отдохнуть и утром воскресенья уже в центре нужного города. Бодрые и отдохнувшие.

Самолёт - по многим направлениям прямых рейсов нет, аэропорты в городах у черта на куличках, приезжать надо за час до вылета. Чаще всего будет либо вылет в неудобное время, либо неудобная стыковка, а потом от пункта прилёта ещё пару часов до дома/отеля пилить. После такого ещё пол дня отходить надо.

Поезда сейчас очень хорошо обновили по топовым направлениям, не сравнить со старыми. Езжу в купе или СВ в двухэтажных поездах. По цене, за счёт экономии на такси от/до аэропорта и багаже, разница копейки или поезд даже дешевле выходит.

Когда надо быстро из пункта А в пункт Б + есть удобный прямой рейс, то самолет. Когда поездка выпадает на выходной и нет срочности, то поезд т.к. комфортней.

Вечером выехал из центра города, утром приехал в центр города. Чем самолёт лучше?

Не всегда. Соседние регионы удобнее на поезде.