В таком случае можно реализовать архитектуру из нескольких баз. Во многих проектах мы это делали – вся бухгалтерия компании (или компания в целом) работает в одной базе 1С, рядом с ней установлена еще одна 1С, на которую поставлен БиТФинанс с настройками. Между базами работает обмен. Мы реализовывали различные схемы с базами 1С:Бухгалтерии, 1С:ЗУП, для различных юрлиц с объединением, с отделением управленческого учета, и так далее. Обращайтесь, расскажем детали.