Даже точная дата его рождения неизвестна доподлино. Карлос Кастанеда, следуя описанному в своих книгах «Пути воина», целенаправленно старался держать в тайне свою жизнь, а также уничтожил большинство личных вещей, записей и фотографий. В результате история его жизни стала объектом многочисленных спекуляций и противоречащих друг другу версий, что осложняет составление точной биографии.
Долгие годы Кастанеда сознательно не реагировал на многочисленные противоречивые публикации в прессе относительно его жизни, деятельности и смерти при жизни. Он отказывался фотографироваться, запрещал видеосъёмку и использование диктофона во время интервью и публичных лекций. Кастанеда объяснял это тем, что, согласно «Пути воина», личная история фиксирует образ человека и лишает его свободы.
Летом 1960 года, планируя написать статью о лекарственных растениях североамериканских индейцев, Карлос Кастанеда начал свою работу. Он отправился по предложению своего друга в путешествие по Юго-Западу США и в Ногалисе, Аризона, впервые встретил человека, известного в его книгах под именем дона Хуана Матуса, шамана из племени яки. Вскоре он отправился к дону Хуану в Сонору и в течение нескольких лет с перерывами, в период с 1961 по 1965, проходил у него обучение. Осенью 1965, Кастанеда прекратил ученичество и вернулся в Лос-Анджелес. В 1968 году была опубликована его первую книгу, «Учение Дона Хуана», благодаря которой год спустя он получил степень магистра. Книга сразу же стала бестселлером, как и все последующие работы автора.
В 1968 году Кастанеда вернулся в Сонору и возобновил обучение у дона Хуана. В 1971 году его ученичество дало плоды в виде книги «Отдельная реальность», а в 1972 году он опубликовал книгу «Путешествие в Икстлан», за которую получает докторскую степень.
После этого Карлос Кастанеда сокращает публичную активность, реже даёт интервью и, в соответствии с учением о «Пути воина», запутывает и уничтожает информацию о себе. В 1974 году выходит книга «Сказки о силе», в которой дон Хуан уходит из этого мира, и в последующих книгах Карлос Кастанеда восстанавливает события из воспоминаний с целью разобраться в сложной системе мировоззрения Хуана Матуса.
Его 12 книг о встречах с таинственным индейским шаманом доном Хуаном, сделали Кастанеду, аспиранта антропологии, всемирной знаменитостью. Среди поклонников были Джон Леннон, Уильям Берроуз, Федерико Феллини и Джим Моррисон.
Некоторые авторы предполагают, что дон Хуан Матус вымышленный персонаж.
В книгах Кастанеды Дон Хуан предстаёт мудрым шаманом, чей образ не совпадает со стереотипом индейского колдуна, а учение не совпадает с представлениями академической науки о шаманской культуре индейцев. Кастанеда считал, что дон Хуан описал некий тип познавательной системы, незнакомый европейцу, обычно ориентирующемуся на что-то «априорно» существующее (на свои представления о том, как мир должен быть устроен, жёстко сформировавшиеся под давлением социализации).
При адаптации знаний Дона Хуана, Кастанеда использовал многие термины и последние достижения западной философской мысли. Таким образом во многом метафоричная и аллегоричная, а главное — очень практичная система знаний шаманов Древней Мексики может быть относительно понятна европейскому читателю.