Безусловно есть нюансы с отдельными типами документов, но перевод 100% документов в электронку не самоцель - если получится перевести 90% процентов это даст 90% от максимально возможного эффекта. Да и в целом как и везде работает правило Парето - 20% самых массовых документов, например по отпускам, создают 80% затрат.
Ну как правило клиент не один, а кроме клиентов есть еще и поставщики, и внутренние процессы. По опыту - тех кто по прежнему работает на бумаге сейчас уже заметно меньше чем тех, кто перешел на ЭДО, так что эффект от ЭДО есть всегда, вопрос только в том, какой процент от максимально возможного результата удастся получить.