Обычно так:

Листы а4 для разработки схем и логики. Если проект сложный, то переношу все в axure, с детальной проработкой и интерактивом.

Для новичков:

Для начинающих советую Balsamiq Mockups (десктоп версия). Она очень простая в освоении. Порог для входа минимальный.