Самый большой недостаток Jira Эванс видит в том, что программа требует завершить одни задачи, для того чтобы начать работу над другими. Цикл жизни задачи напоминает принцип работы каскадной модели: спецификация, разработка, улучшение, тестирование, релиз. Но гибкая методология разработки, которая лежит в основе Jira, создана, чтобы отойти от каскада. На деле получается, что один большой каскад заменяется тысячами поменьше.