Во первых, нет никаких самозанятых в природе. Есть плательщик НПД (налог на профессиональный доход). Этот режим могут использовать физлица и ИП. Там нет пенсионных взносов, налог 4-6%.
Если у вас нет наемных сотрудников и деятельность и доход подходят под НПД, можете либо зарегиться через програмку, либо открыть ИП с этим спецрежимом.
Во-вторых, для НПД есть спец счета, которые сами платят налог. Или в програмке кнопку ткнуть или распечать и в банк отнести. Я пользуюсь веб-кабинетом, довольно удобно пока.