1 имхо тут котлеты и мухи вместе и главное это драконовские ставки модуль банка и поведение другого банка в другой статье автора :), а халява всегда дорого стоит.
2 взаимодействия с налоговой ведутся очень плохо, что есть прямая обязанность бизнесмена :) и его бухгалтера.
3 после вашего интервью в налоговой смотрите, что бы вам еще не впаяли искусственное дробление бизнеса.
4 увольте вашего бухгалтера, так как он не выполняет свои обязанности и эти функции выполнит дешевле и автоматически любая программа по онлайн бухгалтерии.
5 заведите себе электронные подписи на оба юр лица и общайтесь сами напрямую через налог с ру, там видно все движение заявлений и соблюдение сроков бывает чаще и вся переписка для последующих жалоб тоже наличествует.
6 меньше пыли больше дела и Вам ни кто не чего не должен, вы сами себя в это завели, назвались груздем, дак образовывайтесь или нанимайте компетентных сотрудников