Вам можете не добавлять никаких параметров в my.cnf. Все требуемые параметры допустимо указывать в командной строке. Обычно единственное, что может быть удобно разместить в разделе [xtrabackup] вашего my.cnf — это параметр target_dir, который по умолчанию определяет каталог, в который будут помещены резервные копии. Но это не обязательно.