Джира у нас использовалась далеко не на все сто, поэтому особой боли не было. Линками в конфлюенсе почти не пользовались, автопереходы по воркфлоу не использовались.
Коммиты линкуются и в кайтене. Историю потеряли, да.
Огромный плюс кайтена - разработчик активно реагирует на фидбек, в отличие от Атлассиан, который может не чинить баг годами.
У нас гитхаб. Я сам не настраивал интеграцию, но знаю, что там все на вебхуках сделано.