Сама по себе аффилированность компаний не доказывает нарушение Налогового кодекса РФ. Но, если налоговая служба докажет, что в результате сделок между взаимозависимыми компаниями была занижена налогооблагаемая база, то ФНС может доначислить налоги и выписать штраф за их несвоевременную оплату.