Это как извечный вопрос, что первее было курица или яйцо? Есть плюсы и там, и там. Одно хорошо, если у вас сайт и блог на сеошке, то есть основной трафик из органики, то лучше разделить, потому что фильтр поисковиков на единый ресурс приведет не к 100% потерям в трафике, а только в 50% потерях и можно переориентироваться, а не идти сразу на паперть. Ну и конечно, сайт про коммерс, а стороннее медиа про инфозапросы той же тематики, это мастхэв.