Основные компании под управлением АФК Система: МТС (49,9%), Сегежа Групп (62,2%), OZON (31,8%), ГК Эталон (29,8%), Бинофарм Групп (75,5%), Агрохолдинг «Степь» (91,3%), Медси (95,5%) и другие. АФК Система получает долю от денежных потоков данных компаний в виде дивидендов. Основной вклад (порядка 80%) составляют дивидендные выплаты от МТС.