Считается с выходными, если время отпуска их захватывает. А вот государственные праздники, которые являются выходными для всех, в отпуске не учитываются, они приплюсовываются к отпуску или переносятся в еще не использованную часть свободных дней сотрудника. Брать отпуск с выходными выгоднее финансово, но менее выгодно с точки зрения общего количества дней отдыха (если не брать выходные, можно «сэкономить» два дня и отгулять их в другое время).