Есть полный клон Джиры - Яндекс Трекер. Я им пользовался и даже платил за него. Сейчас, для команд до 5 человек Трекер бесплатный, рекомендую! У Яндекса есть Яндекс-Вики, весьма удобная вещь, но я не пользовался Confluence - поэтому сравнивать не могу. Яндекс Вики как Вики - отличная вещь.
Но у Атлассиан есть еще Битбакет, его клон Ростелеком будет делать? А то полного набора не складывается.