«Башнефти» принадлежит три нефтеперерабатывающих завода мощностью 24,07 млн т в год («Уфанефтехим», Уфимский нефтеперерабатывающий завод и «Новойл», а также «Уфаоргсинтез», Шкаповское ГПП", «Туймазинское ГПП». Нефтеперерабатывающий комплекс «Башнефти» остается в числе лидеров отрасли по таким ключевым показателям, как выход светлых нефтепродуктов и глубина переработки. В 1 квартале 2021 года глубина переработки нефти составила 88,6 %, выход светлых — 69,3 %.