Колодцы небольшой глубины чаще всего находятся на уровне верховодки — поверхностного водоносного слоя, который расположен недалеко от поверхности земли. Вода из них может содержать много примесей, поскольку она легко подвержена загрязнению со стороны почвы, сельскохозяйственных стоков, дождевых вод и бытовых отходов. В ней могут содержаться болезнетворные бактерии, пестициды, нитраты и другие примеси, особенно если колодец расположен близко к источникам загрязнений: дороги, фермы или мусорные свалки.