Если включать комиссию в стоимость товара, то на этапе сравнения цен, продавец может проиграть в цене другим магазинам, когда покупатель будет "бегать" по яндекс.маркету в поисках самого дешевого предложения. А после того как покупатель определится с самой низкой ценой, то на этапе непосредственной оплаты, даже, если ему накинут комиссию, может не вспомнить была ли комиссия на предыдущих десяти сайтах или, потратив столько времени на поиски, просто поленится возвращаться к большому каталогу перепроверяя в каждом магазине наличие комиссии.
1. Как видно из исходных данных: поправили внутрянку и закупили немного ссылок - результатом этого явилось ТОП-10 и последующая стагнация. Поэтому, первое, что приходит на ум, в таком вот ограниченном данными вопросе - это банальная нехватка ссылочной массы, по которой вы проигрываете конкурентам.
Совет: возьмите одну группу СЧ запросов под конкретную оптимизированную посадочную страницу и закупите качественных вечных ссылок (10-12) под целевые запросы в сочетании с безанкорными (тут, здесь, на сайте и т.д.). Спустя 3-5 недель наблюдайте динамику. Будут подвижки - продолжайте в том же духе, соблюдая баланс между целевыми коммерческими запросами и естественными безанкорными.