В большинстве случаев, конечно это происходит крайне быстро и беспроблемно, но любая транзакция имеет задержки, пусть 100-300мс но все же задержки есть. Этого не избежать в принципе никак. Но можно перестроить алгоритм таким образом, чтобы вместо закрытий позиций, были просто «задвоеные» заявки. То есть получается, открыли лонг, далее например открываем шорт +1 к лонгу.