tl;dr 。。Яндекс пообещал 2000 баллов и исчез восвояси, без объяснений, почему баллы не начисленны... Такая вот история ;)
tl;dr2 : Недополученные баллы вернули в виде купона на следующую покупку, проблема решена очень оперативно.