В обоих случаях отличается лишь глубина интеграции в Shopify.
При неактивном есть возможность только читать данные, но записывать заказы в платформу Shopify раздел Orders нельзя. Во втором случае есть возможность работать напрямую с Заказами и делать записи.
Советую присмотреться к insales, ребята делают на совесть свою работу и чебурнет им не грозит.