Деньги компании не равно деньги собственника - это одно из основных правил для собственника, который сам же является управляющим в своей компании.
Недавно на VC.ru был исчерпывающий материал на данную тему https://vc.ru/legal/44738-kak-sobstvenniku-zakonno-vyvesti-dengi-iz-kompanii