Беглое прочтение документа позволяет ответить на большую часть ваших замечаний.
А как бы вы действовали на месте Минцифры? Ничего не делать - плохо. Сделали аккредитацию - тоже плохо

не указан отчётный период за который всё считается3 месяца
в пандемию так пытались "помочь" МСП, в итоге лучше б не мешали, помощь получили в итоге только крупные госкомпании и конторыне было такого
Не всегда можно точно указать верный ОКВЭД, его либо нет, для инновационных разработок и чего-то нового, либо он максимально далёк от действительности, а сменить его - привлечь внимание к себе.Сменить вид деятельности вообще не проблема. В ОКВЭД есть коды для всего.
А если компания новая и ещё не имеет дохода нормального или это стартап? Хоть стартапы тоже в группе, но там проблема все с той же средней ЗП, бывает люди за идею работают или почти бесплатно, по началу, а потом действительно зарабатывают.Согласен.
4. Бюрократия и ещё раз бюрократия, нужно вставать в какие-то списки стартапов, чтобы что? Компаниям будто заняться нечем. Это же кто то должен ставить на учёт, убирать из него, вести какую-то работу, зачастую бесполезную.Верно!
5. Чего-то мне кажется, что компаниям проще приостановить деятельность, релоцироваться или просто закрыться. Ну не сегодня это нужно делать, каждый день дорог, сейчас последние специалисты сбегут, особенно топы, с хорошей зарплатой и главное мозгами.В точку!