В анкете на шенген есть пунктик про вторые гражданства. Конечно, его можно не заполнять и утаить гражданство, но если ты уже ранее получал шенген на российский паспорт, то в базе есть твои отпечатки. И в теории они могут сопоставить твои два паспорта и спросить: а вы из российского гражданства не выходили?

Другое дело, если твое новое гражданство предполагает безвиз с шенгенской зоной или вообще в неё входит...