Дополняю комментарий.
Исходные данные: кампании на Поиске с ручным управлением; сравнение по 3 неделям (без автотаргетинга, с ним на автоставках, с ним на минимальной ручной ставке в 1 руб.).
1 неделя:
Показы = 469, клики=99, ctr=21.11, Ср. CPC, руб.=76.96 , Ср. позиция показа=1.06

2 неделя (фразы):
Показы = 425, клики=85, ctr=20.00, Ср. CPC, руб.=79.81 , Ср. позиция показа=1.26
2 неделя (автотаргетинг):
Показы = 147, клики=16, ctr=10.88, Ср. CPC, руб.=72.72 , Ср. позиция показа=12.44

3 неделя (фразы):
Показы = 454, клики=110, ctr=24.23, Ср. CPC, руб.=74.83 , Ср. позиция показа=1.23
3 неделя (автотаргетинг):
Показы = 276, клики=13, ctr=4.71, Ср. CPC, руб.=18.18 , Ср. позиция показа=4.60

Я делаю выводы:
1. Можно минимизировать влияние автотаргетинга в кампаниях с ручной стратегией (где автоматические стратегии - коллеги, дополните сами - можно ли там по автотаргетингу выставить ручную ставку?)
2. Но влияние будет - хотя бы в просяде позиций показов по фразам из-за низкого ctr у автотаргетинга.
3. Трафик по фразам не пострадал: показы продолжаются и идут в точном соответствии с условиями и минусами - т.е. мы получаем тот самый горячий, релевантный трафик.