Можно ли будет самозанятого назначить гендиректором ООО?Можно.
Самозанятый могёт совмещать основную работу с доп. деятельностью. Нопример, работать в крупной компании и сдавать в аренду жильё. Важно учесть, что при этом нужно будет платить НДФЛ с дохода от работы по трудовому договору и дополнительно оплачивать налог самозанятого.

Инфа из памятки Сервиса Сбербанка «Своё дело».