Согласно этой методологии, атомы – это базовые элементы, такие как цвета, иконки, кнопки и т.п., они функциональны, но не могут существовать сами по себе. Молекулы группируют простейшие компоненты в единый смысловой блок (юнит), что позволяет уже создавать готовые решения. Далее они объединяются в более сложные организмы – например, меню или карточки товара в интернет-магазине, которая может состоять из изображения, кнопки, текстового описания, цены. Это уже позволяет отразить визуальный стиль интерфейса блока и вносить необходимые правки.
Шаблоны представляют собой пустые макеты страниц – прототипы, а страницы уже наполнены контентом и являются завершенным продуктом.
Вот тут можно посмотреть много примеров дизайн систем - https://vc.ru/design/748524-dizayn-sistemy-77-primerov-ot-vedushchih-dizayn-komand