Специфическая иммунная система берет верх, если врожденная иммунная система не способна уничтожить микробы. Она реагирует медленнее (несколько суток) , чем врожденная иммунная система (несколько минут или часов) , но действует более точно, идентифицируя конкретный микроорганизм, потому что узнает его не по набору молекул (ПАМП) , характерному для многих микроорганизмов, а по специфическому антигену (тоже молекула или молекулы, но обычно уникальные, характерные для определенного вида, штамма и т. д.) . Кроме того, система специфического иммунитета способна «запоминать» микроб и при следующей встрече отреагировать на него быстрее. «Функции запоминания» у врожденного иммунитета отсутствует. Например, если Вы переболели ветрянкой в детстве, то контакт с больным человеком для вас абсолютно безопасен, именно благодаря специфическому иммунитету.