Как следить за фекалиями в сточных вода, дабы обнаружить и регистрировать уровни коронавируса

Центры по контролю и профилактике заболеваний в пятницу объявили, что теперь они публично регистрируют уровни SARS-CoV-2, обнаруженные в сточных водах по всей стране.

Система начали тестировать в 2020 году как массовое исследовательское мероприятие, но разрослась до сети из более чем 400 точек отбора проб сточных вод по всей стране, представляющих фекалии примерно 53 миллионов американцев. CDC в настоящее время работает с 37 штатами, четырьмя городами и двумя территориями, чтобы добавить больше мест для отбора проб сточных вод. Агентство здравоохранения ожидает, что в ближайшие недели в сети появится еще 250 сайтов, а в ближайшие месяцы — еще больше.

«По оценкам, от 40 до 80 процентов людей с COVID-19 выделяют вирусную РНК [от SARS-CoV-2] с фекалиями, что делает сточные воды важной возможностью для мониторинга распространения инфекции», — сказал Доктор Эми Кирби, руководитель программы CDC Национальной системы наблюдения за сточными водами (NWSS).

Она добавила, что выделение вируса начинается почти сразу во время инфекции, до того, как у кого-то могут проявиться симптомы, а иногда и за несколько дней до того, как человек может получить положительный результат теста. Более того, эти сигналы в дерьме не зависят от доступности тестов или доступа к здравоохранению.

До сих пор во время пандемии отслеживание сточных вод в разных местах выявляло ранние признаки вариантов и всплесков, иногда предвещая рост числа случаев за несколько дней. В целом тенденции уровней РНК в сточных водах тесно коррелируют с показателями заболеваемости, показателями госпитализации и положительными результатами тестов, отметила Кирби. И наличие этого заблаговременного предупреждения может помочь чиновникам здравоохранения подготовиться и предотвратить всплеск. Например, официальные лица могут направить мобильное тестирование в сообщества, в которых наблюдается раннее повышение уровня РНК, или увеличить ресурсы больниц в районах, где ожидается рост числа случаев.

На новом сайте отслеживания данных NWSS Центра по контролю и профилактике заболеваний люди могут видеть изменения уровней РНК, обозначенные цветом, на различных объектах мониторинга сточных вод. Например, на сайтах, окрашенных в синий цвет, за последние 15 дней уровень снизился на 100%, а на сайтах, отмеченных красным, наблюдался рост на 1000%.Наблюдение за сточными водами в основном полезно для наблюдения за подобными тенденциями — независимо от того, идет ли дело вверх или вниз. Он не дает четкого представления о том, сколько SARS-CoV-2 присутствует в популяции в любой момент времени, и исследователи не определили порог обнаружения. То есть неясно, сколько людей в конкретном районе сточных вод должно быть заражено, чтобы образец сточных вод оказался положительным. Но наблюдение явно доказало свою эффективность в обнаружении приближающихся всплесков — и вариантов.

Например, в исследовании CDC, опубликованном в конце прошлого месяца, Кирби и его коллеги сообщили, что несколько объектов мониторинга сточных вод обнаружили вариант коронавируса омикрон до того, как случаи заболевания омикроном были обнаружены в отдельных штатах.

По мере того, как SARS-CoV-2 переходит от фазы острой пандемии к более спокойной эндемической фазе, Кирби и ее коллеги ожидают, что сточные воды помогут обнаружить локальные всплески — возможно, сезонные — а также появление новых вариантов. Но выборка имеет ограничения. Во-первых, он упустит солидный кусок территории США, где используются септические системы — около 20 процентов домов в США — вместо муниципальной канализации. Кроме того, расшифровка всплесков может быть более сложной в районах с временным населением, таких как туристические центры.Тем не менее, отбор проб оказался достаточно полезным, чтобы убедить CDC инвестировать в усиление наблюдения за сточными водами. Кирби сказала, что в дополнение к большему количеству мест для отбора проб агентство планирует расширить эпиднадзор в этом году, включив в него другие патогены, в том числе грипп, лекарственно-устойчивый грибок Candida auris и угрозы пищевого происхождения, такие как кишечная палочка.

Вступайте в телеграм-канал, если хотите больше материалов на тему IT, технологий, digital и трендов. Всего 1-2 в день. Подписывайтесь, буду рад вас видеть!

По материалам "Arstechnica"

#covid19