Как правило, все сходится.
А если нет, то ответственность и потери, связанные с неверной оценкой, несет компания, а не клиент (он получает то, что ему обещали и за обещанную стоимость).
Кроме тех случаев, где клиенту дается неточная оценка, зависящая от пока неизвестных факторов (такое бывает в программных работах часто).
Если говорить про план действий и задач, то клиент может вносить в него свои коррективы, тогда, например, часть запланированных на месяц задач могут сдвинуться на следующий период работы (либо по согласованию с заказчиком увеличивается бюджет проекта на нужный срок).
Доходность контролирует руководитель отдела и/или куратор. Фактически - это контроль времени.