Работающим - это более широкий критерий, регистрация не критерий. Можно быть зарегистрированным в, условно, МО, а работать в Москве, и попадать под требования.
С юридической точки зрения исполнение ФЗ-152 и других законов никто не отменял :) Так что в данных условиях нам остаётся только искать способы выполнения указов таким образом, чтобы при этом не нарушить остальные законы
Формулировка в указе не даёт чётких критериев, так что наиболее безопасно рассматривать фразу про "осуществляющие деятельность на территории города Москвы" как организации, у которых есть работники, работающие в Москве, регистрация в Москве, офис в Москве и т.п.