В Южной Америке, одном из ключевых регионов по производству кофе, Эль-Ниньо часто служит причиной засух и периодов высоких температур, которые негативно сказываются на урожайности кофе. Например, в Колумбии, одном из крупнейших производителей арабики, Эль-Ниньо может привести к значительному снижению производства из-за засухи и нехватки воды для орошения. В Бразилии, крупнейшем производителе кофе в мире, Эль-Ниньо также может вызвать засухи, которые особенно пагубны в период цветения кофейных деревьев. Недостаток влаги снижает потенциальную урожайность, увеличивая неопределенность на рынке и оказывая повышенное давление на цены фьючерсов на кофе. В условиях Эль-Ниньо цены на фьючерсы на кофе могут значительно вырасти в ожидании сокращения поставок. Если во время сбора урожая наблюдается избыток влаги, на кофейных ягодах могут развиться грибковые инфекции, что приводит к потере зерен и снижению урожайности при переработке спелых кофейных ягод в зеленый кофе. Кроме того, Эль-Ниньо может повлиять на размер зерен.