Налоговая уже проверила компанию. Может ли она прийти второй раз?

Многие предприниматели считают, что после завершения выездной налоговой проверки определенный период окончательно закрыт. Компания прошла проверку, получила решение, уплатила доначисленные налоги - значит, возвращаться к этому периоду налоговая больше не может.

Но это не всегда так. Недавнее дело, дошедшее до Верховного Суда РФ, показывает, что один и тот же налоговый период в предусмотренных законом случаях может стать предметом повторной выездной налоговой проверки.

Причем последствия второй проверки могут оказаться значительно серьезнее первой.

В деле ООО «Нефтегазстрой» первоначальная выездная налоговая проверка затронула 2021 год. По ее итогам компании, в частности, был доначислен НДС в размере около 34,7 млн рублей. Решение компания не оспаривала и исполнила.

Позже вышестоящий налоговый орган назначил повторную выездную проверку за тот же период. На этот раз размер налоговых претензий оказался существенно больше - недоимка по НДС и налогу на прибыль составила около 477,8 млн рублей.

Компания попыталась оспорить само назначение повторной проверки.

Однако Верховный Суд РФ в определении от 18 марта 2026 года № 309-ЭС25-9697 не поддержал ее позицию.

По общему правилу пункт 5 статьи 89 НК РФ действительно ограничивает проведение повторных выездных проверок по одним и тем же налогам за один и тот же период.

Но пункт 10 статьи 89 НК РФ предусматривает специальный механизм - повторную выездную налоговую проверку. В частности, такая проверка может проводиться вышестоящим налоговым органом в порядке контроля за деятельностью инспекции, проводившей первоначальную проверку.

Именно поэтому аргумент «Этот период уже проверяли» сам по себе еще не означает, что повторная проверка незаконна.

Повторная проверка позволяет налоговому органу заново исследовать деятельность компании за соответствующий период. При этом могут быть выявлены обстоятельства, которые не стали основанием для доначислений по итогам первоначальной проверки.

Для бизнеса это означает достаточно неприятную вещь - завершение первой проверки не всегда создает абсолютный иммунитет от нового налогового контроля за тот же период.

При этом важно учитывать одну особенность. Если повторная проверка проводится в порядке контроля за нижестоящим налоговым органом и выявляет нарушения, которые не были обнаружены первоначально, пункт 10 статьи 89 НК РФ устанавливает ограничения в части применения налоговых санкций. Но это не исключает возможности доначисления самого налога и пеней.

Компания ссылалась на то, что сотрудники вышестоящего налогового органа фактически участвовали в первоначальной проверке и контролировали ее проведение. По мнению налогоплательщика, в такой ситуации последующую проверку сложно рассматривать как независимый контроль за работой нижестоящей инспекции.

Однако Верховный Суд этот аргумент не принял. Само по себе участие должностных лиц вышестоящего налогового органа в первоначальной проверке не исключает возможности проведения повторной проверки.

Главный вывод из этого дела заключается не в том, что налоговая может бесконечно проверять один и тот же период. Не может.

Повторная проверка - это специальная процедура, для которой должны существовать предусмотренные законом основания.

Но и считать завершенный период полностью защищенным только потому, что его уже проверяла инспекция, тоже не стоит.

Если компания получает решение о назначении повторной выездной проверки, необходимо сразу анализировать: на каком основании назначена проверка; соответствует ли она требованиям пункта 10 статьи 89 НК РФ; какой налоговый период и какие налоги охватываются; какие материалы первоначальной проверки могут иметь значение для нового спора.

Дело ООО «Нефтегазстрой» показывает важную для бизнеса вещь - первая выездная налоговая проверка не всегда является последней. Компания уже прошла проверку за 2021 год и исполнила решение. Однако повторная проверка того же периода привела к новым налоговым претензиям, которые оказались в разы больше первоначальных.

Поэтому при получении решения о повторной проверке правильный вопрос звучит не так: «Как налоговая может проверять нас второй раз?»

А так: «На каком основании назначена повторная проверка и соблюдены ли все требования статьи 89 НК РФ?».

Именно с этого обычно и должен начинаться правовой анализ ситуации.