Как вы собрались без джейлбрейка кастомизировать интерфейс и системные файлы чистить?

Ну конечно же они запретят установку приложений без сертификатов разработчика. Это очевидно. Будет как на Маке с включений галкой - разрешить установку из AppStore и проверенных разработчиков - только подписанные приложения зареганных разработчиков.