Вам скорее CRM система нужна, а не мессенджер (посмотрите какой-нибудь Битрикс24 или AmoCRM).
Если после внедрения CRM еще останется нужна писать в чаты и это будет напрягать - рассмотрите причины\процессы, которые побуждают человека писать в чат и скорректируйте внутренние правила работы.
Да уж, судя по минусам Слак сейчас вообще не в тренде)
А что касается обсуждений - то мы внутри команды стараемся вообще избегать текстовых обсуждений в виде чатов или тредов. Нужно обсуждение - договариваемся и делаем созвон, обсуждаем, брейнштормим, после чего сразу же фиксируем результаты в виде набора активностей и задач. А вообще регулярные scrum митинги обычно закрывают большинство вопросов.
Неудобное цитирование и пересылка - это большая боль, согласен полностью. Уведомления они специально сделали хитро, чтобы приходили на одно последнее активное устройство - это тоже можно настроить.