С микросателлитной нестабильностью связан и синдром Линча, при котором развиваются злокачественные опухоли толстого кишечника. Синдром Линча составляет около 3% от общего количества случаев колоректального рака. В 30% случаев при синдроме Линча возникают синхронные или метахронные неоплазии. Нередко сочетается со злокачественными новообразованиями мочевого пузыря, почечной лоханки, мочеточника, яичников, матки, желудка, желчных путей и тонкого кишечника.