В некоторых случаях разумно запустить сайт в обновленном дизайне на поддомене типа new.site.com, предложить юзерам оценить нововведения и получить от них обратную связь. При этом у пользователей должна оставаться возможность вернуться на старую версию. Если помните, по схожему пути в свое время шли «ВКонтакте», Facebook и другие популярные площадки. Изначально обновленные версии делали доступными по желанию с возможностью откатиться. А принудительный перевод всех на новый дизайн начинался позже. Это полезно крупным площадкам, онлайн-сервисам, сервисам банкинга, eCommerce и т. д. Остальным лучше обойтись без смены домена и сохранить старые страницы, визуально обновив их.
У меня после редизайна с сохранением абсолютно всех текстов подписей и сео настроек вообще пропал из выдачи Яндекса.
Сочувствую! Если пропал сразу весь сайт - большая вероятность ошибки в robots.txt. К сожалению, это распространенная проблема, то ли от неопытности специалистов, то ли от невнимательности.