В любом случае изменения не касаются типовой конфигурации, поэтому при ее обновлении никаких проблем не будет. При обновлении модуля обмена придется проверять, изменили ли в новых версиях процедуру формирования таблиц, но при внимательном сопоставлении доработанного модуля с новой версией, это также не доставит хлопот.