В оперативном отношении новая флотилия подчинялась командующему войсками Приамурского военного округа.Главной базой флотилии стал Осиповский затон под Хабаровском, но корабли также базировались у Благовещенска и в забайкальском Сретенске на Шилке. Окончательно Амурская флотилия была сформирована к лету 1910 года. Её личный состав насчитывал 19 офицеров, 2 инженера-механика, 10 врачей, 4 чиновника и 1585 матросов. Показательно, что командиры амурских мониторов получали звание капитана 1-го ранга, то есть приравнивались к командирам самых крупных океанских кораблей. Помимо восьми тяжёлых мониторов и десяти канонерских лодок в состав флотилии на Амуре вошли три парохода, плавучий док и десять «особых посыльных судов» — эти были артиллерийские бронекатера, каждый вооружён 76-мм пушкой и пулемётом. Амурские бронекатера с характерными именами «Пуля», «Штык», «Палаш», «Сабля», «Копьё», «Рапира», «Пистолет», «Пика», «Кинжал» и «Шашка» могли действовать не только на Амуре, но и на самых мелких его притоках. В итоге Амурская военная флотилия стала внушительной силой, серьёзным фактором защиты Приамурья от любого потенциального противника. При этом флотилия внесла свой вклад не только в оборону, но и в изучение края.