В нашем законодательстве нет определения "аптечная сеть". Общий маркетинг, бренд? Нет. Одно юрлицо? Нет. И пока его - определения - нет, действия ФНС могут быть исключительно как в заглавии "негласные".

А разве аптека может быть ИП?