Всесторонний анализ сайта, позиции сайта по поисковым запросам, исходящие и входящие ссылки на сайт, и т.д. http://e.megaindex.ru/analysis

 Всесторонний анализ сайта, множество показателей.
Сайт, платно (есть пробная версия)
https://www.woorank.com

Технический анализ сайта + количество посещений в месяц по доменам в зоне РФ.
Также показывает количество посещений на сайт при статистике менее 5000 в месяц.
https://a.pr-cy.ru 

 Поиск обратных ссылок (бэклинки) MOZ
Сайт, 3 запроса в день бесплатно + 30 дней бесплатно версия Pro + платный апгрейд.
https://moz.com/researchtools/ose/

 Поиск обратных ссылок (бэклинки), рефералов Majestic SEO Tools
Сайт, платно (есть подписка на бесплатный аккаунт)
http://www.majesticseo.com/

Rookee

PageSpeed
Узкоспециализированный инструмент, заточенный на проверку быстродействия площадки, разработали в Google. PageSpeed Insights покажет советы относительно оптимизации загрузки.

В любом случае, нужно чтобы сеошник посмотрел. Это все равно,как сдать анализы=) Вы получили результат,но понятия не имеете,что с этим делать и какие препараты нужно принимать =)  + сервисы грешат иногда. Тот же Вебмастер выдает статистику, которая диссонирует с Я. Метрикой, например.