Да, ОКВЭД должен быть основным, но льготы предусмотрены не только организациям и ИП, включенным в перечень пострадавших. 
В любом случае, как обещает ФНС, налогоплательщикам ничего самим делать не нужно. Они, как обычно, сдают декларации, а налоговики автоматизированно уведомят о том, что платить налог в такой то сумме за такой то период не надо. Кроме того, система будет предварительно уведомлять о том, что платеж не требуется.