Пользуюсь обсидиан почти полгода
Истинно чем больше заметок, тем больше выходит связей, иногда внезапных и неожиданных.

Главное дать себе время и привыкнуть. Если же по прошествии времени способ ведения так и не стал удобным, значит что-то организовано не совсем правильно

Времязатратность можно свести к минимуму, если пользоваться шаблонами и "нулевыми разделами". Проставить линки, выбрать шаблон отнимает у меня от силы 10 секунд

Совсем без категорий тоже не катит. Только тут категория создаётся не в виде папки а в виде того же документа с которым проставляется связь. Скажем, у вас 15 отдельных документов (заметок, идей и тд) и каждый относится к категории Спорт. Создаём документ "00 Спорт" и ссылку в виде [[00 Спорт]] пишем в конце каждого из 15 документов. Линковка проведена. Теперь вам стоит просто зайти в документ 00 Спорт и в нем отобразится весь список связанных с ним документов. Это помогает предотвратить ситуацию, когда записал документ, а он утонул в другой сотне заметок и единственное что помнишь, что было что-то про спорт вроде... И в целом является как краеугольным камнем ориентирования во всей базе так и отправной точкой для изучения /анализа связей и рождения новых идей как следствие

поминает систему тэгов, но не совсем, точнее совсем не она, но удобнее

Короче, велосипед уже изобретён и оптимизирован
Вот тут гайд полной настройки обсидиан под цетлькастен и короткое описание зачем все эти муки нужны и для кого https://youtu.be/PiS3pRRj994

К слову у меня есть повседневная база и рабочая. В случае с рабочей не так тщательно придерживаюсь системы, конкретно в моей работе оно просто не нужно, скорее это формат обычных папок с текстовиками, но с гораздо более быстрым поиском, навигацией и линками. Это про гибкость программы

Ощущение, что жизнь разделилась на до и после появления обсидиан. Любое моё знание, любая важная мысль доступна в любой момент. Более того, даже в процессе повседневного мышления стал чаще проявляться этот линковочный принцип между различными идеями, концептами, мыслями