Не очень понял какая подпись хранится в госуслугах. Там скорее всего не усиленная. Такая подпись вряд ли станет заменой полноценной ЭЦП, и, соответственно, вряд ли с ее помощью можно что-то сделать с недвижимостью. Но вообще, любую подпись обычно можно отозвать и перевыпустить, если она действительно есть.

Мне через госуслуги даже с налоговой сверку не сделать для ИП - нужна усиленная подпись (на физическом ключе). Остальное им не катит.