На полном серьезе читаю на бизнес портале огромную ветку, посвящённую накоплению баллов в Пятерочке

Карты "Перекресток" и "Пятерочка" вполне обычно добавляются в Google Pay.
Все начисляется и списывается без проблем (пользуюсь регулярно).
Вам кассир отказывает в списании баллов? В чем заключается кейс?

Клиент карту с собой не носит, т.к. использует сторонний софт для хранения ВСЕХ своих дисконтных и карт лояльностиНе хочет носить, не списывает баллы. Это же его выбор - не носить.
.
Пусть начинает носить

Защищаются от фрода.
Ну и побочный эффект — увеличивают инсталлы.
Можно делать с кодом подтверждения, можно разрешать списывать без подтверждения X рублей. Есть варианты и с отельным штрихкодом на списание, но он все равно не совсем удобный.

А в чем проблема поставить приложение и отключить на нем пуши / уведомления?

Думаю это защита от списывания баллов

Ха. Мне иногда не могут списать балы с электронной карточки в приложение пятерочка 

У меня без пластика позволяет списать баллы на кассе. Карта забита в приложение гугл пей. 

ибо не хочет потом быть засыпанным пушами о "сгущенка со скидкой"