Оформление в штат может выйти боком, в случае, если сотрудник выехал за рубеж. Человек, живущий за границей больше 183 дней в году, автоматически получает статус нерезидента, а с ним - повышение налога с 13 до 30%. Причем при смене статуса налог пересчитывается с начала года, и разницу необходимо заплатить сразу. Компании имеют право вычесть разницу в налогах из зарплаты сотрудника. Теоретически, наверное, есть организации, кто готов заплатить за сотрудника 30% НДФЛ сразу за полгода, но их все меньше.
Насчет налогообложения штатных сотрудников в ИТ-компании. Если компания зарегистрировалась в Минцифре, то платить налогов придется меньше: не X/0.87*1.302, а X/0.87*1.076. Так что компания сможет предложить максимум 15-20% прибавки.
В случае патента на ИП, если человек работает за рубежом, то это не является ли препятствием?