Удерживать НДФЛ с аванса незаконно
Заработная плата работникам должна выплачиваться не реже, чем каждые полмесяца (ст.136 ТК РФ). А что касается НДФЛ, то его удержание и перечисление должно производиться один раз в месяц, не позднее дня, следующего за днем выплаты полной заработной платы (п.6 ст. 226 НК РФ).
На самом деле первая часть зарплаты по факту не аванс, потому что платится за уже отработанное время, а не за две недели вперёд. И меня на самом деле удивляют двойные стандарты нашей налоговой - по другим налогам день получения дохода определяется именно днём прихода денег на счёт. А тут - нет, почему-то концом месяца, хотя аванс пришёл двумя неделями ранее.