В любой спорной ситуации да ещё и без подтверждения документально, лучше сделать работу бесплатно, чем намеренно опуститься в глазах заказчика и перестать уважать себя и свой труд. Как вы правильно сказали, от вас не убудет. В приципе, любой бизнес связанный со сферой услуг, подразумевает то, что будут ситуации, когда трудно обосновать свою комиссию.
Как по мне, так вы поступили правильно. По крайней мере, у них уже не будет даже мысли кому то и где то сказать, что они заплатили за ваш труд меньше, чем договаривались.